Работата на лабораторията е подчинена на:

• Медико-диагностична дейност за поставяне на етиологична диагноза на инфекциозните заболявания и инфекциите – бактериологични, микологични и серологични изследвания;
• Проучвания на етиологичната структура на инфекциозните заболявания и инфекциите, микробната резистентност на патогените, с цел оптимизиране на антимикробната терапия;
• Консултации при провежданата антимикробна терапия при хоспитализирани и амбулаторни пациенти;
• Експертизна дейност – извършване на изследвания на военнослужещи и кандидати за военна служба;
• Разработване и прилагане на нови, съвременни методи за диагностика и епидемиологично типиране на проблемни за болничната патология микроорганизми;